Alex, Gloria, Melman i Marty postanawiają zostać w Afryce. Natomiast paczka pingwinów wraca śmigłowcem do Nowego Jorku.
Marlenka chce zobaczyć koncert, jednak za każdym razem kiedy opuszcza zoo, zmienia się w potwora. Pewnego dnia oposica wprowadza się do pingwinów i otacza je matczyną opieką.
Skipper zgadza się dać dzień wolny od treningu temu pingwinowi, który jako pierwszy przyniesie mu wędzonego śledzia. Pingwiny są zdeterminowane i chcą uczynić dzień wolny kinowym hitem.
Pingwiny stoją w obliczu globalnej bitwy, kiedy ich maszyna produkująca żywność wyrzuca toksyczną chmurę zagrażającą nie tylko zoo, lecz także Ziemi.
Julian organizuje konkurs skoków na dmuchanym zamku. Podczas jednego ze skoków Julian dostaje się poza teren zoo i trafia do domu Glades, która bierze go za kota. Podczas jednej z akcji Skipper przypadkowo wylewa na siebie niebezpieczną substancję.
Kowalski ma nowego rywala. Jest nim kura potrafiąca przewidywać przyszłość. Niespodziewanie nieloty próbują włamać się do laboratorium.
Po zakończeniu drugiej części filmu „Madagaskar” Alex, Gloria, Melman i Marty postanawiają zostać w Afryce. Natomiast paczka pingwinów wraca śmigłowcem do Nowego Jorku. Tam, próbują przejąć władzę w zoo. Niespodziewanie okazuje się, że wraz z nimi przyleciał pasażer na gapę – król Julian – oraz jego pomocnicy. W tym niezwykle dowcipnym serialu biorą udział również inne zwierzęta z Central Parku, które nieoczekiwanie komplikują pingwinom ich nową misję...